南非爆發(fā)的李斯特菌感染與加工肉類有關(guān)，這一結(jié)果由南非國家衛(wèi)生實驗局Juno Thomas研究組取得。2020年2月13日出版的《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》發(fā)表了這項成果。
研究組進行了流行病學(xué)、回溯和環(huán)境調(diào)查，并采用全基因組測序?qū)魏思毎錾钏固鼐蛛x株進行了分型。2017年6月11日至2018年4月7日，實驗室確認1例單核細胞增生李斯特菌感染。
共發(fā)現(xiàn)937例感染，其中728名患者中有193名（27%）死亡。對609例患者的臨床分離株進行了測序，567例（93%）被鑒定為6型序列（ST6）。在病例對照分析中，與非ST6感染者相比，ST6感染者中有很多人食用了香腸，優(yōu)勢比為8.55。
香腸和環(huán)境樣本也分離出了ST6菌株，這些菌株與患者的菌株屬于同一核心基因組多位點序列分型簇，差異不超過4個等位基因；這些發(fā)現(xiàn)表明，在某個工廠生產(chǎn)的香腸是疫情源頭。從該工廠召回香腸后，單核細胞增生李斯特菌ST6感染率迅速下降。
綜上，全基因組測序有助于發(fā)現(xiàn)疫情，指導(dǎo)回溯調(diào)查，從而鎖定源頭。
